El Object.assign me gusta usarlo cuando se que mi objeto NO va a tener más de un nivel (realmente es cuando yo creo un objeto interno y tengo control absoluto de él), así como en plantillas de datos simples (e insisto que no tenga más de un nivel) .

El JSON (parse, stringify), lo uso mucho cuando no tengo control sobre el objeto, explico:

Cuando consumo datos de alguna API o cuando recibo un objeto de entrada, siempre me ha gustado clonar el objeto, ya que soy fan de la programación funcional (enfocado a funciones puras), me gusta que la función no altere la funcionalidad del programa (ya que el objeto que me pasen no se donde mas lo puedan estar ocupando) y de cierta forma regresar un nuevo resultado, y para mi es más fácil detectar problemas o actualizar código.

Entonces te recomiendo assign, cuando es menos de un nivel y tu controlas el contenido de ese objeto; y para los demás el JSON…de hecho otra cosa que te recomiendo que también aplico mucho es convertir el objeto a string y reasignarlo a la misma variable; esto ayuda mucho en memoria, ya que solo está en un solo lado la asignación de la variable, mientras como objeto tiene muchas referencias en memoria)